• 1526: Ejecutoria de la Chancillería de Valladolid del pleito litigado por el Concejo, justicia y regimiento de Báscones del Agua, Quintanilla del Agua y otros (Burgos) con el Concejo, justicia y regimiento de Lerma (Burgos) sobre comunidad y aprovechamiento de pastos.​

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• En 1544, Quintanilla del Agua y San Pedro de la Villa, forman un solo Concejo en dos barrios con Jurisdicción en Santo Domingo de Silos.

• En 1544, vecinos de Quintanilla del Agua y San Pedro de la Villa, (representados por Pedro Delgado y Pedro Espinosa respectivamente), se juntan en la puerta de la Iglesia de esta última localidad, con el fín de tratar con los vecinos de Mecerreyes los lindes del término denominado Valdefradas (donde confluyen una encrucijada de caminos, y son límites de dichos pueblos, junto con Puentedura), presidió la reunión Gabriel de Ubierna y Alfonso Torres que vinieron de Santo Domingo de Silos. Se llego a un acuerdo sobre pastos, que luego se quedó en nada por no contar con Puentedura.

• 1547: Pedro Martínez, de Báscones del Agua, se querella contra Juan de Aranda y su consorte, de Quintanilla del Agua, porque le han robado cuatro carretas de leña, saliendo al pleito sus respectivos concejos; el de Quintanilla alega que el lugar donde estaba la leña es de su propiedad, así como de aprovechamiento del monte y del pasto.

• 1550: Hernando de Zorrilla, vecino de San Pedro de la Villa y Quintanilla del Agua, entabla pleito de hidalguía.

• 1556: Ejecutoria de la misma Chancillería del pleito de Francisco Bocanegra, señor del lugar de Báscones contra los concejos de San Pedro la Villa y Quintanilla del Agua sobre el derecho de pesca en el río Arlanza.

• 1571: Ejecutoria del pleito del Concejo de Báscones del Agua sobre la propiedad de ciertas dehesas y heredades concejiles que el monasterio de Bujedo pretende como solariegas.

• 1581: El Tribunal de la Inquisición juzga, mediante un proceso de fe, a Bartolomé Sánchez de Lerma, labrador, natural de Quintanilla del Agua y vecino de La Puebla de Guadalupe, por palabras escandalosas.

• 1583: Pleito de Francisco de Bocanegra, señor del lugar de Báscones, contra vecinos y concejos de Santa Inés, Lerma y su alfoz, sobre el derecho que tiene el señor de Báscones a tomar prendas e imponer penas a los que entraren a cazar en término de Valdetajas, que forma parte del lugar de Báscones, que es su señorío y es coto redondo.

• 1589: Juan de Palacios, vecino de Santa Inés, y los demás arrendatarios de las heredades de Báscones del Agua, afirman ante los señores provisores que están dispuestos a diezmar (pagar el diezmo) los frutos necesarios sin necesidad de entablar pleito.

• En 1602. Ordenamiento del monte Yuso entre Quintanilla del Agua, San Pedro de la Villa y Puentedura. Se emite un extenso artículo sobre el término de Vadefradas para que puedan entrar a pastar el ganado de Puentedura. Este artículo quedo más tarde en agua de borrajas por no contar con Mecerreyes.

• Los Concejos de Quintanilla del Agua y San Pedro de la Villa, firman con Puentedura, en 1621, Cartas de compromiso sobre el Monte Yuso, donde existen varios capítulos sobre pastos. También existe un capítulo dedicado a las Colmenas, donde se detalla que estas hay que declararlas, por cuyo incumplimiento se pondrán penas de 200 maravedís.

• En 1626, se concede  Ayuntamiento propio, pues pertenecía a la Jurisdicción de Santo Domingo de Silos, siendo el primer Alcalde D. Juan de la Fuente.

• En 1626 San Pedro de la Villa solo tiene 4 vecinos y, Quintanilla del Agua había pasado en pocos años de 80 a 25 vecinos, por razones de que Santo Domingo de Silos se encontraba un poco distante y el traslado difícil para resolver cualquier cuestión. Después de varios pleitos ese mismo año este pueblo consigue su independencia con Ayuntamiento propio.

• 1629: El Monasterio de Bujedo pleitea contra Francisco Gallo Bocanegra y María Gallo Bocanegra, de Quintanilla Somuñó, señores de Báscones del Agua, para que devuelvan ciertos bienes en virtud de una escritura de censo enfitéutico.

• 1635: Llamada al orden a los colonos de las posesiones de Bujedo en San Pedro la Villa por abusar y aprovechar en beneficio propio los vacíos de poder durante los periodos de cambio de prior (la granja tiene la consideración de priorato y el monje responsable y residente, prior).

• En 1.672 San Pedro de la Villa ya no existe. Tomando los derechos de este en 1.677, el rey Felipe IV otorga a Quintanilla del Agua el título de Villa.

• 1676: Mal estado de la iglesia de Báscones del Agua.

• El 19 de Diciembre de 1677 el Rey Felipe IV concede el título de Villa y Ayuntamiento a Quintanilla del Agua.

• ​1678: Se hunde la capilla mayor de la iglesia de Báscones. Se pide que,
  como parte interesada en los diezmos, la Cartuja de Miraflores contribuya
  en la reconstrucción.

• 1680: Demanda del Monasterio de la Cartuja de Miraflores contra los
  clérigos de Quintanilla del Agua, Mecerreyes y Puentedura sobre diezmos.

• En 1680. Siendo Alcalde de Quintanilla del Agua, Mateo García, apresan a los vecinos de Mecerreyes 155 cabras en el término de Valdefradas, estos presentaron un pleito, por lo que se les devuelven las cabras, previo pago de una cantidad de maravedís a favor del Concejo de San Pedro de la Villa y Quintanilla del Agua.

• 1680-1690: Se construye el retablo mayor de la iglesia parroquial de
  Quintanilla del Agua. La pintura y sobredorado no se terminarán hasta el
  año 1735.

• Los frailes del Cister de Bujedo de Juarros, tienen posesiones en Quintanilla del Agua en 1683, dentro de los terrenos que pertenecían a San Pedro de la Villa, incluido el molino, que donan ese mismo año al Concejo de Quintanilla del Agua, bajo pago de las correspondientes rentas.

• En 1698, Puentedura, Mecerreyes, y el Concejo de San Pedro de la Villa y Quintanilla del Agua, acordaron amojonar y reconocer a cada uno su parte en el término de Valdefradas para los pastos. Existen muchas cartas, todas ellas referidas al pastoreo, y acuerdan multas de 50.000 maravedís por el incumplimiento del pacto.

• Por el año 1700, El Monte Recombillo (por entonces cubierto de encinas), lo regentaba y administraban los Concejos de Quintanilla del Agua y el de Báscones (dedicados exclusivamente para pastoreo de ovejas, cabras, cerdos, vacas, yeguas, burros, etc..). Pertenecía a la Diputación de Burgos a la que pagaban tributos en renta. Según Catastro del Marqués de la Ensenada (año 1752), se subastaban lotes de encinas para hacer carbón vegetal, de cuyos beneficios, dos cuartos eran para los carboneros, un cuarto para la Diputación y otro cuarto para el Ayuntamiento (equivalente este último a 1.425 reales por año).

• 1751: Los concejos de Quintanilla del Agua, Puentedura, Tordueles y
  Cebrecos emprenden un pleito sobre el derecho al aprovechamiento de pesca
  en el río Arlanza.

• 1752: Durante los meses de abril a junio de este año se lleva a cabo en esta villa el Catastro del Marqués de la Ensenada. El señorío del despoblado de Báscones lo ostenta Don Jerónimo Gutiérrez, vecino de Burgos; pero con derechos de propiedad y beneficios a favor de la Cartuja de Miraflores y la Parroquial de Santa Inés. El Monasterio de Bujedo disfruta de un censo a su favor de 980 reales. Dentro del Catastro del Marqués de la Ensenada, sobre la declaración de colmenas (52 en total), existen entre los propietarios que por sus apellidos (Lozano, Sancho, Villariezo, Romero, Izquierdo, Merino, Urien..) conforman claramente la ascendencia real actual.

• La Presa del Molino de Quintanilla del Agua fue arrastrada por una crecida casi en su totalidad en 1788. El Alcalde Antonio Alonso, gestiona al Ilmo. Sr. Juan Acedo, Supremo y Consejero de la Cámara de Castilla y Juez conservador de los Plantíos, solicitando la tala de 1.500 enebros para la reparación de dicha presa.

• La Historia escribe una página amarga el 7 de Agosto de 1.812 el pueblo entero fue saqueado y quemado por las tropas francesas. Báscones, que entonces era un pueblo aparte, también fue devastado por los franceses. Años más tarde surge como Granja perteneciente al Marqués de Lorca.

• 1756: El Concejo, Justicia y Regimiento de Quintanilla del Agua plantean un pleito contra Martín Manrrique, vecino de esta villa, que tiene la concesión de la taberna y la carnicería, con la acusación de haber falsificado firmas y recibos en las cuentas que se le tomaron por la postura y remate de la taberna pública de dicha villa.

• 1760: Pleito en el que el Concejo de Quintanilla del Agua acusa al de Lerma y sus alfoces de haber roturado los términos de “Charcón y Cabeza de Quintanilla”, de pasto común a dichos lugares, contraviniendo la sentencia arbitrada dada el 19 de agosto de 1531.

• 1758: Carta del cabildo de la Colegiata de Lerma a los contadores de la hacienda de la iglesia de Burgos, en relación con el litigio con el monasterio de la Cartuja de Miraflores sobre los diezmos de Quintanilla del Agua, de los que una tercera parte corresponden a este cabildo.

• 1803: Causa de oficio contra Juan de Ausín, Santiago Santos y Juan de Aranza, vecinos de Quintanilla del Agua, sobre el robo hecho a Dionisio Aragón, vecino de Villalmanzo, en su propia casa.

• 1812: Litigio sobre la roturación y cultivo de los términos de El Bardal y El Charcón.

• 1812: Los días 5 y 6 de agosto el pueblo es saqueado e incendiado por las
  tropas Francesas.

• 1816: Denuncia del Ayuntamiento y vecinos de Quintanilla del Agua contra los de Puentedura por la corta de árboles.

• 1818: Denuncia de José Blanco, de Quintanilla del Agua y Pía de Arce, de Aranda de Duero, contra el cura de Quintanilla del Agua por no dar lectura a las tres moniciones precisas para contraer matrimonio.

• 1820: Extinción de las propiedades de la Compañía de Jesús y las órdenes monásticas, entre ellas, La Orden de San Bernardo, cuyo Monasterio de Santa María de Bujedo es propietario de la Granja de San Pedro la Villa.

• 1833: En el mes de octubre, al comienzo de la primera Guerra Carlista, el pueblo de Quintanilla del Agua se levanta contra el gobierno de Madrid, tomando partido por el carlista Cura Merino.

• 1835: El General Espartero, con su ejército isabelino, se instala entre Quintanilla y Covarrubias. Por Retuerta y Santibáñez del Val, se suceden varias escaramuzas con las tropas de Merino sin vencedor claro, retirándose unos y otros hacia ambos lados de los Montes de Carazo.

• Según Madoz (1845/1850). El monte Bardal estaba destinado en su mayor parte a pastos. A orillas del  riachuelo llamado Ángel, iba un camino carreteril o cañada de serranos por donde transitaban estos con maderas en dirección a Tierra de Campos.

• 1850: Según el Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de ultramar / por Pascual Madoz, el número de casas ha aumentado (de 99 a 140) respecto a un siglo antes, el de vecinos o familias se ha mantenido similar (en torno a 100), el de almas o habitantes ha descendido notablemente (de 421 en 1752 a 323 en 1850). Sigue habiendo dos curas. Llama la atención, en el diccionario de Madoz, la presencia de nutrias en el Arlanza, el cultivo de olivos y la siembra de comuña. No parece muy precisa la delimitación con los pueblos vecinos por puntos cardinales. Como
  curiosidades, existe un local de cárcel; el correo se recibe de Lerma por encargo particular; el terreno, en general, se considera de mediana calidad, y los caminos no parecen estar en muy buen estado.

• Mediante Acta, en 1853, D. Román Lorenzo Calvo, Secretario D.M. de su Excelentísima Cámara en el Tribunal Supremo de Guerra, hace entrega a la Iglesia parroquial de Quintanilla del Agua, Alhajas y efectos (Candeleros de bronce, Ciriales, campanilla, Custodia y cuadros en lienzo de Antonio Palomino).

• Año 1861. Se procedió a la firma del contrato con el nuevo médico D. Felipe Palomar, natural de Burgos, decía: “Recibirá ciento sesenta fanegas de trigo y treinta cántaras de vino... Estaría obligado a prestar asistencia sanitaria a todos los vecinos.... No podría salir de la población sin el correspondiente permiso....Percibiría cuatro carros de leña...Debería ofrecer el facultativo ocho cántaras de vino el 13 de Diciembre como entonces era costumbre... Estaría exento de contribuciones, menos subsidio----Se le dotaría de casa para habitar...”

• Durante el año 1862, se venden las tierras colindantes de Torrecilla del Agua (Montejo) a 7 vecinos de Quintanilla del Agua por 145.000 reales, a excepción de la ermita, a la cual van de romería una vez al año los vecinos de Castrillo Solarana (ya que se encuentra dentro de su Jurisdicción) hasta principios del siglo XX, quedando posteriormente abandonada.

• 1881: Termina la reconstrucción de la iglesia.

• El día 29 de Septiembre de 1886, se realiza la compra del monte Recombillo por un valor de 40.326 ptas., a pagar en 10 años, por lo que se acaban de exterminar la mayoría de las encinas que quedaban para seguir haciendo carbón vegetal para obtener los beneficios correspondientes para hacer frente a los pagos correspondiente.

• Subasta de la pesca del río, El 23 de Febrero de 1890, bajo la presidencia del señor Alcalde D. Mariano Ortega,  se reúne el Ayuntamiento para arrendar la pesca del río de esta Jurisdicción... “El arrendatario podrá pescar con redes de marca, respetando la ley de pesca... El arrendatario, en época de arriendo, obligado a dar al Ayuntamiento media arroba de peces o su valor según costumbre y convenio....Es obligación del Ayuntamiento de abonar al arrendatario una tercera parte del arriendo en caso de salir desfavorable la demanda pendiente que hoy tiene con el Sr. De Báscones sobre la utilidad del río en su territorio...La duración de arriendo caducará en fecha 31 de Diciembre de 1890...El arrendatario deberá ingresar en la depositaría municipal el valor del arriendo en moneda corriente el último día de vencimiento del arriendo....El mejor postor fue Saturnino Briones Miguel, de esta vecindad al precio de ciento treinta un ¿ y dos cántaras de vino gastadas de presente o sea treinta y dos pesetas y setenta y cinco céntimos..”

• A finales del siglo XIX, según Guía de Comercio, editado en Valencia en 1891, Quintanilla del Agua cuenta con diversas actividades: alfarería, herrería, construcción de carros, carpintería, zapatería artesanal, sastre, profesora de música, dos maestros, párroco, médico, veterinario, dos posadas...., siendo sus principales contribuyentes el Conde de Encinas y Herederos del Conde de Liniers, dueños de la Granja Báscones del Agua.

• Según documento privado, el 25 de Febrero de 1894, dos bautos, Tomás Heras y Aniceto Lozano, toman en renta para pastos de ganadería, el término de Valdefradas, pagando una cantidad de 1.410 ptas.

• Junta Municipal de 27 de Noviembre de 1898, presidida por el Alcalde D. Ambrosio Moral, decide entre otras cosas...”Siguiendo la costumbre del vecindario, festejar y dar las gracias por la paz que ha reinado en el pueblo y que la recolección de frutos se ha verificado en regulares condiciones, acordaron se celebre dicha función el día dieciséis del próximo mes, satisfaciendo al señor cura Párroco la gratificación de doce pesetas cincuenta céntimos por misa y sermón y, si los jóvenes desean traer dulzaina, se les entregará la gratificación de cinco pesetas”.

• Durante el año 1905, 5 bautos compran el Monte Jalón (llamado así por ser el apellido del vendedor), por 80.000 reales, dentro de la Jurisdicción de Revilla Cabriada.

• La Fuente de Hontanares, se construye en su asentamiento actual en 1905, con piedra traída con carros desde Hontoria de la Cantera, siendo Alcalde Tomás Lozano.

• En 1916, se produjo un trágico suceso, de la que fue testigo directo Candelas García, que mientras lavaba en el río junto a Petra, muchacha al parecer de belleza deslumbrante y hermosa moza, que los hombres del lugar se desvivían  por sus encantos. Pero lejos de ser una mera anécdota, Lorenzo , apodado “el corneta” llegó mas lejos, y mientras, las muchachas desempeñaban sus tareas de lavandería, éste,  cuchillo en mano lo asestó sobre tal bella mujer, de cuyas heridas no pudo reponerse. “El corneta” en cuestión acabó con sus huesos en la cárcel, pero lamentablemente la belleza de Petra no volvió a deslumbrar. 

• Durante el año 1918, la ganadería aún tiene gran importancia, pues existe constancia, que en Quintanilla existían rebaños de ovejas, cabras, cerdos, yegüas, vacas y burros.

• En 1918, el año de la gripe. Murieron en Quintanilla del Agua 43 personas, había días que había dos o tres entierros. La epidemia duró dos meses (entre mediados de Septiembre y mediados de Noviembre). Cuenta D. Cesáreo del Río, médico rural en aquel tiempo: “me quedé solo en casa con tres de mi familia en la cama, haciéndome yo la comida en un infiernillo y saliendo inmediatamente a visitar, porque venía a tener unos ciento ochenta enfermos en este pueblo, donde llevo veintiséis años; ciento diez en Tordueles, otro de al lado, que entonces no tenía agregado y de cuatro a cinco cadáveres en el depósito...¡Aquello era horrible!... pero, claro;  una epidemia de éstas en los pueblos, donde con tan poca higiene se vive, azota duro, y uno tiene que desvivirse para salvarlos...”

• 1936-1939: Desde el comienzo de la Guerra Civil, Quintanilla del Agua cae dentro de la zona “nacional”, tomada por los sublevados enfrentados al gobierno republicano, al que obedece la zona “roja” o “republicana”. Inmediatamente, los falangistas de Lerma, apoyados por la Guardia Civil, toman el control del pueblo y detienen a aquellos que se significan por pertenecer a algún partido o sindicato “de izquierdas” o se muestran desafectos a la sublevación, encerrándolos en la cárcel de Lerma y fusilándolos o haciéndolos “desaparecer”.
  La Guerra Civil supone para el pueblo, al menos, 21 muertos: nueve fusilados o “desaparecidos”, en su mayor parte durante la represión inicial, once soldados nacionales y un soldado republicano:
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